Die humanoiden Kult-Schildkröten Donatello, Leonardo, Raphael und Michelangelo nehmen, unterstützt von ihrem Mentor Splinter (Danny Woodburn), der furchtlosen Journalistin April O’Neil (Megan Fox) und dem ehrgeizigen Kameramann Vern Fenwick (Will Arnett), den Kampf gegen ihren ultimativen Endgegner auf: Ninja-Meister Shredder (William Fichtner) und seine Fußsoldaten. Ihre wichtigsten Waffen dabei sind nicht nur ihre Ninja-Ausbildung, Nunchucks, Bo Stab und Co., sondern vor allem ihr Witz, ihr stets heldenhafter Einsatz für das Wohl der Menschheit und, nicht zu vergessen, eine tiefe brüderliche Verbundenheit, die die vier zu einem unschlagbaren Team macht. Ob mit Leonardos (Pete Ploszek) Führungstalent, Donatellos (Jeremy Howard) technischer Versiertheit, Michelangelos (Noel Fisher) energetischem Wesen oder Raphaels (Alan Ritchson) stürmischer Emotionalität: Solange die vier Ninjas zusammenhalten, hat kein Gegner eine Chance, gegen sie anzukommen. Doch der martialische Bösewicht Shredder hat einen Plan, der alles ändern könnte.